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Les interfaces cerveau-ordinateur existent en deux grandes catégories : certaines se posent sur le cuir chevelu et lisent les signaux à travers le crâne, tandis que d'autres sont implantées chirurgicalement sur ou dans le tissu cérébral.
Les interfaces cerveau-ordinateur implantées surpassent celles basées sur le cuir chevelu car leurs électrodes se trouvent directement sur ou dans le tissu cérébral, juste à côté des neurones qui génèrent l'activité, enregistrant des signaux bien plus nets. Les systèmes portés sur le cuir chevelu doivent lire à travers le crâne et le cuir chevelu, des couches qui brouillent et affaiblissent l'activité, un peu comme entendre une conversation à travers une lourde porte fermée.
Les interfaces implantées ne consomment pas davantage d'énergie, et la puissance n'est pas vraiment le facteur pertinent qui distingue ici la qualité du signal. Elles ne sont pas non plus dépourvues d'électrodes ; elles utilisent des électrodes placées sur ou dans le cerveau plutôt qu'à la surface du cuir chevelu.
Ce signal plus net a une contrepartie : placer des électrodes dans le cerveau nécessite une véritable intervention chirurgicale avec de réels risques médicaux, ce qui explique pourquoi les systèmes non invasifs sur le cuir chevelu restent attrayants là où une précision parfaite compte moins que l'évitement d'une chirurgie.
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