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ब्रेन-कंप्यूटर इंटरफेस मोटे तौर पर दो प्रकार के होते हैं: कुछ खोपड़ी की त्वचा पर रखे जाते हैं और कपाल के पार से संकेत पढ़ते हैं, जबकि अन्य शल्यक्रिया द्वारा मस्तिष्क ऊतक के ऊपर या भीतर लगाए जाते हैं।
इम्प्लांट किए गए BCI खोपड़ी पर लगाए गए BCI से बेहतर काम करते हैं क्योंकि इलेक्ट्रोड सीधे दिमागी ऊतक पर या उसके भीतर, गतिविधि पैदा करने वाले न्यूरॉनों के ठीक बगल में बैठे होते हैं, जिससे कहीं साफ संकेत रिकॉर्ड होते हैं। स्कैल्प (खोपड़ी) पर लगे सिस्टम को खोपड़ी और स्कैल्प की परतों के आर-पार पढ़ना पड़ता है, जो गतिविधि को धुंधला और कमज़ोर कर देती हैं, ठीक वैसे ही जैसे किसी मोटे बंद दरवाज़े के पीछे से बातचीत सुनना।
इम्प्लांट किए गए BCI ज़्यादा बिजली इस्तेमाल नहीं करते, और यहां संकेत की गुणवत्ता तय करने में बिजली वास्तव में कोई प्रासंगिक कारक भी नहीं है। ये इलेक्ट्रोड-रहित भी नहीं हैं; ये स्कैल्प की सतह की बजाय दिमाग पर या उसके भीतर रखे इलेक्ट्रोड ही इस्तेमाल करते हैं।
इस स्पष्ट संकेत की एक कीमत भी चुकानी पड़ती है: दिमाग में इलेक्ट्रोड रखने के लिए वास्तविक सर्जरी और उससे जुड़ा असली चिकित्सीय जोखिम चाहिए होता है, यही वजह है कि गैर-आक्रामक स्कैल्प सिस्टम वहां आकर्षक बने रहते हैं जहां पूर्ण सटीकता से ज़्यादा सर्जरी से बचना मायने रखता है।
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