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इंजीनियर किए गए सूक्ष्मजीवों को शर्करा, या यहाँ तक कि पकड़ी गई अपशिष्ट गैसें खिलाई जा सकती हैं और उनसे ईंधन जैसे अणु निकलवाए जा सकते हैं, जो स्वच्छ विमान और जहाज़ ईंधन की राह खोलते हैं।
बायोफ्यूल इस तरह जीवित जीवों द्वारा बनाए गए ईंधनों के लिए व्यापक शब्द है, जिसमें इंजीनियर्ड सूक्ष्मजीवों को चीनी या यहां तक कि पकड़ी गई अपशिष्ट गैसें खिलाई जाती हैं और वे अपनी प्राकृतिक चयापचय प्रक्रियाओं के जरिए ईंधन-जैसे अणु उत्सर्जित करते हैं जिन्हें परिष्कृत करके इस्तेमाल लायक हवाई जहाज या जहाज ईंधन बनाया जा सकता है। यह भूमिगत पेट्रोलियम भंडारों से निकाले गए ईंधन का एक नवीकरणीय विकल्प देता है।
जीवाश्म ईंधन लाखों सालों में प्राचीन जीवों के अवशेषों से भूमिगत बनते हैं, यह एक धीमी भूवैज्ञानिक प्रक्रिया है जो आज जीवित सूक्ष्मजीवों को सक्रिय रूप से इंजीनियर करके ईंधन अणु बनाने से बिल्कुल अलग है। परमाणु ईंधन परमाणु नाभिक को तोड़ने या जोड़ने से निकलने वाली ऊर्जा पर निर्भर करते हैं, यह एक भौतिकी-आधारित प्रक्रिया है जिसका जैविक किण्वन से कोई नाता नहीं।
क्योंकि विमानन और नौवहन जैसे क्षेत्रों को बैटरी से बिजलीकृत करना कुख्यात रूप से मुश्किल है, इंजीनियर्ड जीवों द्वारा बनाया गया बायोफ्यूल इन भारी परिवहन उद्योगों के जीवनचक्र उत्सर्जन घटाने के निकट भविष्य के सबसे आशाजनक रास्तों में से एक माना जाता है।
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