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कुछ क्वांटम कंप्यूटर जानकारी को ऐसे अकेले परमाणुओं में संग्रहीत करते हैं जिनसे एक इलेक्ट्रॉन हटा दिया जाता है और जिन्हें विद्युत-चुंबकीय क्षेत्रों से निर्वात में लटकाया जाता है।
ट्रैप्ड-आयन क्यूबिट में एक परमाणु से इलेक्ट्रॉन हटा दिया जाता है ताकि उस पर आवेश आ जाए, फिर उसे विद्युत और चुंबकीय क्षेत्रों की मदद से निर्वात में स्थिर रखा जाता है। लगभग हर उस चीज़ से अलग-थलग, जो इसे विचलित कर सकती है, इसकी क्वांटम अवस्था अपेक्षाकृत लंबे समय तक सुसंगत बनी रहती है, और लेज़र को बड़ी सटीकता से इस पर केंद्रित करके इसकी अवस्था बदली या पढ़ी जा सकती है।
इसके उलट, सुपरकंडक्टिंग क्यूबिट परम शून्य के निकट ठंडे किए गए छोटे-छोटे परिपथों का उपयोग करते हैं; वे तेज़ तो होते हैं पर अपनी अवस्था जल्दी खो देते हैं। फोटोनिक क्यूबिट प्रकाश के कणों का उपयोग करते हैं, जिसमें कुछ नियंत्रण-सटीकता की कीमत पर बिना गहरी शीतलन के फाइबर के भीतर यात्रा करने की क्षमता मिलती है।
चूंकि ट्रैप्ड आयन शाब्दिक रूप से एक ही तत्व के समान परमाणु होते हैं, इसलिए इस तरीके से बनाया गया हर क्यूबिट बिल्कुल दूसरे जैसा ही व्यवहार करता है — यह एक ऐसे इंजीनियरिंग क्षेत्र में दुर्लभ लाभ है जहां घटक आमतौर पर एक-दूसरे से भिन्न होते हैं।
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