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एंटीबायोटिक्स आधुनिक चिकित्सा के सबसे महत्वपूर्ण उपकरणों में से एक हैं, लेकिन ये केवल कुछ खास तरह के रोगजनकों के विरुद्ध ही काम करते हैं।
एंटीबायोटिक्स बैक्टीरिया वाले संक्रमणों का इलाज करते हैं, ऐसी संरचनाओं को निशाना बनाकर जो सिर्फ़ बैक्टीरिया कोशिकाओं में होती हैं, जैसे कोशिका दीवार या राइबोसोम, ऐसी मशीनरी जो बैक्टीरिया को चाहिए होती है लेकिन वायरस में बिल्कुल नहीं होती, क्योंकि वायरस असल में स्वतंत्र रूप से जीवित कोशिकाएँ हैं ही नहीं, इसलिए उन पर वैसे ही हमला नहीं किया जा सकता।
वायरस ही वे रोगजनक हैं जिनका इलाज एंटीबायोटिक्स नहीं कर सकते, यही वजह है कि ये सामान्य ज़ुकाम जैसी बीमारियों के ख़िलाफ़ बेकार हैं, और फफूंद एक अलग श्रेणी है जिसे एंटीबायोटिक्स के बजाय अपनी अलग एंटीफंगल दवाओं की ज़रूरत होती है।
एंटीबायोटिक्स के ज़्यादा इस्तेमाल से एंटीबायोटिक-प्रतिरोधी बैक्टीरिया का विकास तेज़ हो जाता है, यह एक ऐसी समस्या है जिसे WHO वैश्विक सार्वजनिक स्वास्थ्य के सबसे बड़े ख़तरों में से एक मानता है, क्योंकि जीवित बचे बैक्टीरिया यह प्रतिरोध आगे बढ़ा सकते हैं, जिससे भविष्य के संक्रमणों का इलाज कहीं ज़्यादा मुश्किल हो जाता है।
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